Obszar Natura 2000 to obszar specjalnej ochrony ptaków, specjalny obszar ochrony siedlisk lub obszar mający znaczenie dla Wspólnoty utworzony w celu ochrony populacji dziko występujących ptaków lub siedlisk przyrodniczych lub gatunków będących przedmiotem zainteresowania Wspólnoty. 

Głównym celem funkcjonowania Europejskiej Sieci Ekologicznej Natura 2000 jest zachowanie określonych typów siedlisk przyrodniczych oraz gatunków, które uważa się za cenne
i zagrożone w skali całej Europy. Drugim jej celem jest ochrona różnorodności biologicznej. Podstawą funkcjonowania programu są dwie unijne dyrektywy:
Dyrektywa Ptasia (Dyrektywa Parlamentu Europejskiego i Rady 2009/147/WE z dnia 30 listopada 2009 r. w sprawie ochrony dzikiego ptactwa – wcześniej Dyrektywa Rady 79/409/EWG z dnia 2 kwietnia 1979 r. w sprawie ochrony dziko żyjących ptaków) – określa kryteria do wyznaczania ostoi dla gatunków ptaków zagrożonych wyginięciem; 
Dyrektywa Siedliskowa (Dyrektywa Rady 92/43/EWG z dnia 21 maja 1992 r. w sprawie ochrony siedlisk przyrodniczych oraz dzikiej fauny i flory) – ustala zasady ochrony pozostałych gatunków zwierząt, a także roślin i siedlisk przyrodniczych oraz procedury ochrony obszarów szczególnie wrażliwych przyrodniczo.

W zasięgu terytorialnym Nadleśnictwa Damnica występują obszary Natura 2000 mające znaczenie dla wspólnoty (OZW)/specjalne obszary ochrony siedlisk (SOO): 
a) PLH220001 „Bagna Izbickie”; 
b) PLH220036 „Dolina Łupawy”; 
c) PLH220042 „Torfowisko Pobłockie”. 

1.    PLH220001 „Bagna Izbickie” zajmuje powierzchnię 786,35 ha, z czego powierzchnia
w zarządzie Nadleśnictwa Damnica to 734,92 ha. Obszar obejmuje duże torfowisko wysokie położone wśród rozległego kompleksu torfowego wypełniającego Pradolinę Łeby-Redy, na południe od brzegu jeziora Łebsko i miejscowości Izbica. Znajduje się tu rozległy kompleks wrzosowisk atlantyckich z wrzoścem bagiennym, zarośla woskownicy europejskiej oraz bory
i lasy bagienne. W licznych dołach potorfowych rozwijają się zbiorowiska przejściowo-torfowiskowe. Teren otoczony jest zbiorowiskami łąkowymi, w części porośniętymi przez zadrzewienia brzozy i sosny.
Zarządzeniem Regionalnego Dyrektora Ochrony Środowiska w Gdańsku z dnia 11 lipca 2016 r. ustanowiono plan zadań ochronnych (Dz. Urz. Woj. Pom., 2016 r., poz. 2555). 

2.    PLH220036 „Dolina Łupawy” zajmuje powierzchnię 5508,63 ha, z czego powierzchnia
w zarządzie Nadleśnictwa Damnica to 1449,38 ha. Obszar obejmuje doliny rzek Łupawy
i Bukowiny od wypływu z jez. Jasień. 
W granicach obszaru występują: 
- naturalne, głębokie koryta rzeczne Łupawy i Bukowiny; 
- źródliska i niewielkie potoki (dopływy); 
- rozległe obszary łęgu o podgórskim charakterze Carici remotae-Fraxinetum na zboczach doliny, jak również grądy dębowo-grabowe Stellario-Carpinetum w wielu wąwozach oraz buczyny Luzulo-Fagetum i Asperulo-Fagetum; 
- podmokłe łąki, torfowiska przejściowe i wysokie oraz dystroficzne jeziorka w bezodpływowych obszarach.
Zarządzeniem Regionalnego Dyrektora Ochrony Środowiska w Gdańsku z dnia 4 grudnia 2019 r. ustanowiono plan zadań ochronnych (Dz. Urz. Woj. Pom., 2019 r., poz. 6017). 

3.    PLH220042 „Torfowisko Pobłockie” zajmuje powierzchnię 112,31 ha i znajduje się
w całości na gruntach Nadleśnictwa. Obszar obejmuje kopułowe torfowisko wysokie,
w znacznej części zalesione, lecz z zachowaną bezleśną wierzchowiną kopuły porośniętą mszarami
i mszarnikami wrzoścowymi. Bezleśną wierzchowinę okalają bory bagienne. W części wschodniej znajduje się kompleks potorfii, niemal całkowicie zarośniętych jeziorek dystroficznych, łozowisk oraz inicjalnych postaci olsów.
Zarządzeniem Regionalnego Dyrektora Ochrony Środowiska w Gdańsku z dnia 3 kwietnia 2017 r. ustanowiono plan ochrony dla rezerwatu przyrody "Torfowisko Pobłockie" (Dz. Urz. Woj. Pom. z 2017 r., poz. 1461).